由中华医学会、中华医学会呼吸病学分会主办的中华医学会呼吸病学年会-（第十九次全国呼吸病学学术会议）（CTS）正在苏州召开。上海交通大医院院长瞿介明教授介绍了《病原学诊断新技术在肺部感染中的诊断价值及应用》。
肺部感染病原学诊断现状目前，呼吸道感染在全球疾病负担排名中跃居榜眼。肺部感染病原构成复杂，新发未知病原流行频现，在重症肺炎病例中有20%-25%病原不明，脓毒血症病例中40%-50%病原不明，而病原微生物中超过70%的病毒来源于动物传播，自然界超过99%微生物尚未明确。病原体的明确判断较为困难。
病原学诊断方法传统的病原体检测技术主要是基于微生物培养和分离，方法包括涂片镜检、标本分离培养、生物化学试验以及常规的血清学试验等，当下依旧在大多数微生物实验室广泛使用，在病原体的检验及鉴定中具有不可替代的地位。假阳性、假阴性率较高，导致误诊或贻误治疗。传统的病原学检测流程复杂、周期漫长、检测种类有限、阳性率低。
病原检测新技术的应用及病例分享基于高通量测序技术的临床宏基因组学，通过分析临床标本中微生物的核酸进行致病菌的检测，不需要对病原体进行意向性预判，能够检出“未知”病原体及多种混合感染病原体，一站式精准测序，简化检测流程，大大提高了病原检测的敏感度，缩短了检测时间，还可深入提供病原鉴定，分型，耐药基因和毒力因子分析，具有传统检测方法不可比拟的优势。
病例：55岁男性患者，弥散大B细胞淋巴瘤患者CHOP方案化疗后出现肺部感染，抗感染治疗效果欠佳，经过NGS明确为耶氏肺孢子菌感染，临床用药增大复方磺胺甲噁唑剂量，停用卡泊芬净、更替洛韦后病情好转。——NGS在鉴定疑难、罕见感染病原及非典型病原体等常规检测技术鉴定难度大的病原体方面具有重要的临床应用价值。
病原体检测是肺部感染精准治疗的基础。相较于传统病原体检测技术，NGS有效提高阳性率。NGS在鉴定疑难、罕见病感染病原及非典型病原体等常规检测技术鉴定难度大的病原体方面具有重要的临床应用价值。
传统病原体检测涵盖临床常见病原菌，具有一定的靶向性，阳性预测价值大。NGS无靶标测定标本中所有微生物，灵密度高，阴性预测价值大。两种方法互为补充、平行送检可有效提高检出率。
NGS技术应用临床尚需解决许多问题，包括标本中人源污染、背景菌污染，生物信息学分析流程标化，检测特异性较差等问题，这些给临床结果的判读带来挑战。
病例：23岁男性患者，反复咳嗽咯血5个月，外院间断抗感染加止血治疗后症状反复，NGS检查显示牙龈卟啉单胞菌阳性，这是否背景菌污染？最终结合临床综合判断，确诊为肺结核。——任何的检测技术均应结合流行病学、临床特征等综合分析，去伪存真，确定其是否为真正致病菌。
存在的问题
①DNA/RNA抽提效率较低，提高破壁率；②存在背景菌污染的可能性；③宿主个体异质性，病原体载量不高以及不同感染阶段都对检测产生一定影响；④测序平台、数据分析以及报告解读都对检测结果具有关键的影响。
总结1.mNGS为感染病原体检测提供了新的方法，主要用于常规方法难检出病原体的检测，为肺部感染精准诊疗提供依据；
2.标本送检中，如常规检测阴性时，必要时送检NGS；
3.报告解读：充分结合临床表现及常规检验检查结果，阳性结果应进一步验证；
4.潜在科研价值：新型病原体发现、耐药等表型鉴定、微生物群落分析等
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