中国是世界最大水禽生产国，据调查，年出栏肉鸭32亿只，蛋鸭存栏3亿只，鹅出栏5亿只，饲养量约占世界总量的70%，但随着规模化程度的提高，饲养密度的增大，众多疾病也在水禽上显现出来，疾病防控成了制约水禽发展的重要因素。
水禽主要的流行疾病
水禽可以称之为禽流感的病毒库，在迁徙的水禽体内可分离到多种血清亚型的流感病毒，经过重组还可以出现新的病毒，随着病毒的不断适应，水禽也由带毒不发病，逐步发展到现在禽流感成为水禽的最大危害。高致病性流感在水禽上，主要流行2.3.2和2.3.4两个分支，表现为发病急，死亡率较高，解剖可见脏器出血，危害比较大；低致病性流感H9N2在水禽上也有较高的分离率，主要是影响产蛋率和增加继发感染其他疾病的机会。
鸭瘟和鸭病毒性肝炎一直是影响养鸭业的流行疾病，但是近年来出现了新的变化，鸭瘟表现为发病时间提前，雏鸭阶段就出现症状；鸭病毒性肝炎则出现血清型的变化，导致目前的鸭肝炎疫苗防控效果和鸭肝炎抗体治疗效果下降，而且发病时间也有变化，除了雏鸭发病以外，30-40日龄的育成鸭也能感染发病；小鹅瘟在发病时间上也有变化，据专家报道，除了雏鹅，还能感染40-50日龄的育成鹅。浆膜炎和大肠杆菌也是危害水禽养殖的主要细菌性疾病，由于血清型众多，疫苗防控存在一定的难度，常和其他病毒性疾病混合发病。
近年来新出现的疾病
年突然爆发的坦布苏病毒感染，导致种鸭和蛋鸭的产蛋率急剧下降，甚至绝产，迅速席卷全国主要的水禽养殖区。该病主要危害产蛋期的卵巢，卵泡出血坏死；侵害雏鸭的小脑，出现神经症状和瘫痪；损伤机体的免疫器官，如脾脏肿大等，降低机体抵抗力，容易继发感染其他疾病，而且影响机体的免疫应答。
年在我国安徽、江苏、山东、江西等省份的樱桃谷商品肉鸭上，出现短喙侏儒综合征（大舌头病），病鸭主要表现生长缓慢，胫骨短粗，骨骼较脆，容易折断，喙发育不良，导致鸭舌外突，经山东农业大学刁有祥教授研究，确定为新型鸭细小病毒感染。该病死亡率低，但是影响出栏体重和屠宰利用，给商品肉鸭养殖造成严重的经济损失。
腺病毒引起的心包积液在鸡群造成重大影响后，商品肉鸭和种鸭也陆续分离到4型腺病毒。经检测，该病毒在水禽有着较高的阳性率，但表现症状不明显，在应激或是其他疾病混合感染时，可导致发病，同样出现一定心包积液症状。
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